Canlılık Hakkında (Erdoğan Merdemert, 24 Nisan 2012)

Canlılık Hakkında

           

Böyle bir konu için paleontoloji, biyoloji, antropoloji, astroloji ve felsefenin katkıları çok önemlidir ama daha da önemlisi bu işbirliğinin metodolojik oluşumunun doğru bağıntılar yoluyla yapılabilir olmasıdır.

Buna göre canlılık olgusunun nasıl başladığı (tarihlendiği dönem dolayısı ile) günümüz bilimsel araştırmalarına oldukça ve oldukça uzak olsa da ilk defa okyanuslardaki jeolojik termal bacaların etrafındaki yüksek sıcaklıkta ve oksijensiz ortamda başlamış olduğu, daha sonra mavi yeşil algler ile sürdüğü öngörülüyor.

Buradan anlaşılan şey canlılığın, çok az elverişli bir ortamda bile itilerek ve zorlanarak var olmayı başarmış olmasıdır ve böyle bir saptama bile asıl soruyu cevaplamada şimdiden yetersiz kalır. Ana tema olarak canlılığın ne'liği sorusunun asıl soru olduğu akla gelse de şimdi bu “ne” olanı bir yerlerde arayıp bulmak yukarıda adı geçen bilimlerin araştırmalarından doğrudan elde edilemez.

Miller'in deney tüpünden çıkan eksikli amino asit ortamı için başlatılan tartışmalar onun ne'liği hakkında değildi ve amino asitlerin kendiliğinden canlılığı başlatma olgusunun kendisi hakkında hiçbir net bilgiye ulaşmadı. Bu söz yani “canlılığın başlama olgusunun kendisi” sözü otonom bir sistemi anlatıyor gibi gözükse de bunda zor olan otonom sistemlerin kolayca çözümlendiği halde bu sistemin çözümünün hiç de öyle olmadığıdır. Böyle bir şeyin (canlılığın) göreli olması da muhtemeldir ama o zaman çözümü evrenin her yerinde aramak gerekir. Yine de elimizde olanı ilk sayarak başlamamız onun evrensel olmasını karşımıza kaskatı bir engel olarak koymaz, çünkü evrensel olan zaten evrenin heryerinde bir ve aynı şeydir.

Canlılığın, akıllı varlıkları belirli yapacak olan somut oluşumunun tek hücrelilerden başladığı kolay anlaşılan bir şey olsa da onların önce kümeler halinde topaklaşıp sonra organize olmalarının anlaşılması ve açıklanması hiç kolay değildir. Burada parçaların toplamının bütünü oluşturmadığı çünkü bütünün zorunlu olarak bir sisteme (açık ve kapalı) ihtiyacı olduğu olgusu vardır ve insana kadar ilerlemiş haldeki organizmaya anlam katan işte budur.

Yine başa dönerek canlılığın, ya da daha yararlı bir bilgi olması açısından akıllı varlıkların başlangıcına dönersek, bunun evrenin dünya dışında kalan kısmı ile de ilgili olabileceğini ama asıl nedenin kimyasal bileşimlerin etkinliğinden kaynaklandığını söylemek mümkündür ve bu görgücü görüşler deney ile ispatlanamayacak kadar bilime uzakta durur.

Konuya yöntem ve diyalektik birlikteliğinde bir felsefi görüş açısından bakıldığında, kimyasal da olsa, elektronların etkileşimi ile de olsa, ilahi de olsa, yeni moda felsefede olduğu gibi fırlatılmış da olsa, bir başlangıç varlığı yani başlayanın kendisi bunlarla açıklanamaz. Bu başlangıcın aktivasyonu için var olacak olan özel bir neden bile bütün bir nedensellik mantığını önceleyemez ve zaten varsayılan bir nedensellik olgusu da bu aktivasyonu önceden var edemez eğer öyle olsaydı nedenlerin nedenleri sonsuza kadar giderdi. Bu sıfır nokta hem nedenselliğin, hem zeminin hem de bir bileşenler sisteminin gerçek sıfır noktasıdır, burada doğan bir ilksel “can” dır ve ruh'dur ve bu ruh sözü, burası için sadece canlılığı ifade eder. Beliren bu kendinden ortaya çıkış, sıfır noktasını olumsuzlayan ama sıfır tarafından olumsuzlanmayan birşeydir ve eğer o sıfır tarafından olumsuzlanırsa ortadan kalkar, onun olumsuzlanmadan durmasının sebebi ise canlılık diye bilinen şeydir.

Burada gözardı edilen ve kendisi tek hücreden evrimleşen hominide ait örgensel yapının oluşuma hangi noktada dahil olacağı (veya işe onunla mı başlamalı) sorusu biyoloji bilimi açısından önemlidir ama bir yapısöküm yöntemi ile biyoloji alanında parçaları tek tek sökerek geriye (tek hücreye kadar) gitmek önce doğru bir uygulama gibi gözükse de bunun evrimi geriye doğru işletme gibi birşey olması zorluk çıkarır ayrıca böyle bir geri gidişte yolun bir yerlerinde, varsayılan canlılığa (akıllı varlıklar için özel bir canlılık olarak) rastlama şansı hiç olmaz. Canlılık için cansızlığın tümü ile olumsuzlanması (ing.sublate olması) ama bunun bir an için (moment) olması ve yukardaki sıfır noktası olarak kabul edilmesi gerekir ve eğer bu anlık kesinti bir ilk vuruş olarak alınırsa böyle bir salınımın dalga boyu da sürekli başlayıp biten insan hayatları olur.

Canlı yaşamın bilinen yeri dünyadır ama ne bu yaşamlar ne de dünya gerçektir, sadece  şimdide var olması onları yanlızca şimdinin o kısacık anında gerçek yapar. Yaşam ve canlılık frekansı sıfıra doğru söndüğünde ise sıfır tarafından olumsuzlanmış olacak ve belki de uzaydaki başka bir dünyasal alanda tekrardan o ilk vuruşunu yapacaktır.

Erdoğan Merdemert (24 Nisan 2012)

http://kadikoydusunceplatformu.blogspot.com/

Neuroscience

Angular Gyrus

Beyinde parietal lobda, wernicke alanının hemen üzerinde
orta küçüklükte, kendi halinde bir kıvrımlı bölge, ona Einstein Area veya
metaphorical and abstract thinking area da deniyor. Bu durgun, küçük bölgenin
işlevleri inanılmaz. Adından da anlaşılacağı gibi bu bölge metafor ve soyut
düşünmeden sorumlu. Lezyonu halinde metoforun ifade ettiği mecaz anlamı değil
de sadece konuya ait gerçek anlamı bilebiliyor. Onun kapasitesindeki artış
soyut düşünmeyi yükseltiyor. Daha başka fonksiyonları arasında yazılan bir sözü
veya kelimeyi anlamak, işitilen bir sözü yazmak, dokunulan veya görülen bir
cismin adını yazmak, okuma işlevlerini yerine getirmek ve en önemlisi matematik
işlemlerini eksiksiz tamamlayabilme yeteneği. Böyle söylememin sebebi yine bu
bölge lezyonlarında matematik işlemlerinin eksik ve açık kalmasından dolayıdır.
Bu alanı dışarıdan uyardığınızda out-of-body durumu ortaya çıkıyor, böyle bir
tecrübede bir kadın arkasında hayalet bir vücudun varlığını öne sürüyor bir
başka tecrübede ise birisi kendisini tavanda ve bedensiz olarak hissediyor.
Bunun bilimsel açıklaması ise bedenin gerçek lokasyonu ile zihnin algıladığı
bedensel lokasyon arasındaki farklılıktan kaynaklanmasıdır. Zihin vücudun
lokasyonunu yanlış algılıyor ise herhalde angular gyrus uyarıldı demek en kolay
yol olmalıdır yoksa zihinsel bir yapıyı araştırmanın zorluğu karşımızda duracak
onu hem anlamak hem de anlatabilmek mümkün olmayacaktır.
Universityof California profesörlerinden ünlü neurolog V.S.Ramachandran konferanslarında bilimsel verilerden söz ederken renkli sayı görme (sinestezi) için beyindeki renkli görme bölgesi ile sayıları tanıyan bölgenin birbirine yakın olduğunu ve (her nasılsa) bebek beyninin oluşumu sırasında fazladan bağlarının budanması esnasında bu budama ile ilgili gende muhtemelen mutand olduğunu söylüyor. Ondan dolayı da adı geçen iki bölge arasında budanmamış bağlantılar kalmış
olabileceğini ve bu sebeple renk ve sayının karışarak bu duruma meydan
verdiğini söylüyor. Erken dönem beyin oluşumunda ilk önce her nöron her nörona
bağlansa da bu bağlantılar akıllı bir sistem tarafından budanır ama bu
budanmayı meydana getiren gen veya enzimler mutlaka bu profesörden daha akıllı olmalılar eğer sağda solda eksik bağlantı bırakıyor iseler bunu açıklamak lezyonlardan faydalanılarak da olsa böyle basitçe ve kabaca tahmin edilmemelidir.
Beynin korteksi altı bölgeye ayrılır, şimdi burada
insanın aklına bu altı bölgenin farklı fiziksel yapılarının olduğu gelir ama
tüm korkeksin yapısı yüzde doksanbeş oranında aynıdır yani bu altı bölge
yapısal olarak değil işlevsel olarak farklıdır. Aynı malzeme ile farklı işlev
gerçekten şaşırtıcı ve ürkütücü.. Hemen belirteyim insan beyni bilgisayara
benzemez çünkü bilgisayar işlemcilerinin elektronik devre elemanları
kendilerine gelen impulsların nereden geldiğini ve kendilerinden çıkan
impulsların nereye ve hangi birime gideceğini kendilerine tanımlanmış olan bir
address veya tagging uygulaması ile bilmek zorundadırlar oysaki beyinsel
işlevlerde böyle bir şey olmaz. Trilyonlarda bağlantı milyarlarca neuron
gövdesini ateşleyip durur, sayısız sinaps, sayısız bağlantı ile ve en önemlisi
çoğunlukla eş zamanlı olarak neurotransmitter akışını gerçekleştirir. Bütün
bunlar esnasında hiçbir akson ve hiçbir dendrit kimlik bilgisi TAŞIMAZ. Beyinde,
bugünkü bilimin en yüksek yerinden bakıldığında sadece bir neuron gurubunun
başka bir neuron gurubu ile görevsel bağlantısından ve bölgelerin genel
işlevlerinden söz edilir. Bölge tanımlamaları ayrı olarak derinliğine incelendiğinde
ise şimdilik ortaya somut bir şey çıkmayacaktır, ileride çıkması da pek mümkün
olmayacak çünkü bir bölgenin görev ve işlevinin sadece o bölgeye ait
lezyonlardan bilinebiliyor olması bu yüksek bilim adına zaten böyle bir şeyi
ispat eder durumdadır. Mesela temporal lobun derinlerinde bir yerde fusiform
gyrus diye bilinen bölgede oluşan hasar sayesinde insan yüzlerinin tanınamıyor
olması keşfedilmiştir. Hiç kimse bu bölgenin yapısını önceden inceleyip, tamam
işte bu bölgenin neuronları yüz tanımaya uygun şekilde çalışmaktadır diyememiştir,
diğer bilinen bütün bölgeler için de aynı şey olmuştur.
Erdoğan Merdemert
14 ekim 2011

Reticular formation

Reticular Formation Latince Formatio Reticularis

Beyin sapında, pons (beyinciğin yatay liflerinin olduğu şişkin alan) bölgesinde, raphe çekirdeklerinin ( serotonin üreticisi) üstünde, uzunlamasına ortalama büyüklükte, sırtipliklilerin (kuşların ve tüm omurgalıların sırtlarındaki bir zamanlar iplik şeklindeki omurgalarına verilen isim) 500 milyon yıldır sahip oldukları bence o zamana göre prototip niteliğinde olan ve daha sonra doğal seçilimle evrimleşen bir oluşumdur. Yapısı yüz adetten daha fazla küçük neuron network’leri biçiminde olup olağanüstü karmaşık bir ağ ve lif yumağı şeklindedir.
Temel fonksiyonları:
1. somatik motor control=Genellikle vucut hareket halinde iken onun denge ve duruş pozisyonunu kontrol eder. Görme ve işitme sinyalleri için role görevi yapar.
2. Cardiovascular control=kalp ritmi ve damarların büzülüp genişleme fonksiyonlarını belirler.
3. Pain modulation=Ağrı sinyallerini cortex’e gidiş yolunu belirler ve bazılarını beyine göndermeden dindirir.
4. Sleep and consciousness=uykuyu ve farkındalığı düzenler.
5. Habituaiton=bu fonksiyon sayesinde beyin her şeyi tekrar tekrar öğrenmek için çaba göstermez ve anlamsızca tekrar eden uyarılar diğerlerinden ayıklanır.
Sisteminin ve yapısının analizi mümkün olmadığından işlevi hakkındaki bilgilere lezyonlarından ve uyarılarak alınan sonuçlardan ulaşılabilir. Kendisine birçok bölgeden gelen afferent impulsları seçer, ayıklar, önemini belirler (bebek ağladığında annenin acilen uyanmasını sağlar ama baba için her zaman aynı şeyi yapmaz) sonra onlar için cortex’deki ilgili bölgeleri uyarır. Reticular formation tarafından uyarılmayan bölgeler işlev yapmaz ve bu tüm bölgeler için genellenirse kalıcı koma durumu gerçekleşir. Onun doğal uyarılmasının dışında fazladan uyarılması aşırı uyanıklık getirir, anormal davranış ve gereksiz heyecan görülür. Vücudun hemen hemen bütün bölgelerinden ve beynin merkezinden impulslar alan ve bütün merkezi sinir sistemini gerektiği şekilde uyaran bu ağ yapı, farkındalık anlamındaki bilinç-dışı uyanıklıktan sorumludur. Bilinç-dışı uyanıklık otonom bir sistemdir, kurulu bir işleyişi vardır ve bu işleyişinin ilk hali onu başlatan neden ile de eş zamanlıdır yani böyle bir şeyin ilk önce yetersiz olup sonradan tamamlanacak olması doğru değildir. Göreli olarak bu kadar yoğun/küçük bölgede bile sistemin içindeki bir başka karmaşık sistemi ve böyle devam eden çok bağlantılı sistemleri analiz etmek yani anlaşılacak olan nesne veya olayı önce bütünden ayırmak, sonra o parçanın özelliklerini açıklamak ve sonra da bundan bir bütünsel anlam oluşturmak böyle bir neural ağ için mümkün olmaz. Bir neuronda binlerce dendrit (dal) bulunabilir ve bu dallar başka sayısız neurondan gelen impulsları alır (sinaps yapar) ama bir neuronda yalnızca tek bir akson (çıkış uzantısı) bulunur ve sinyal iletimi tek yönlü olarak bu aksondan dışarı doğru gider. Gelen sinyallerin ateşlediği neuron gövdesi (soma) seri halde birden fazla impuls alsa da yalnızca tek cevap üretebilir ve bu gelen impluslar adress taşımadığından artık durum iyice karmaşık olur. Bu yönelimsel organizasyon bütün sinir sistemini kapsar ve yüz milyar neuronun devrede olduğu böyle bir orkestrada ses çıkarmayan hiçbir ünite varsayılmaz, doğası gereği hiç ateşlemeyen neuronlar bu durağanlıklarını koruyamaz ölürler.
Dış dünyayı ve kendisini reticular formation sayesinde var edebilen merkezi sinir sistemi bu yolla yalnızca sistemli bir şekilde aktif olmayı başarmıştır daha fazlası için devreye girecek olan neural modullerin işlem kapasitesi bunun katları ve katları kadar daha fazla olacaktır.
Erdoğan Merdemert
04/10/2011

Mitokondrial DNA

Tüm çokhücrelilerde sadece anneden çocuğa nakledilen halkasal kod dizisi
birincil olarak; Prokaryot hücreden ökaryot hücreye geçiş konusuna ışık tutar zira mitokondri ve benzeri organellerin kendi dna dizilerine ve çift katlı membranlara sahip oluşları, prokaryot hücreden ökaryot hücreye geçiş sürecinde bir diğer hücre tarafından fagositozla hapsedilmiş ancak sindirilmek yerine hücre içinde özel görevler alarak simbiyont bir yaşam seçmiş organizmalar oldukları konusundaki tezi destekler niteliktedir. İkincil olarak; evrim konusunda çok önemli çalışmalara dayanak olmuştur. Eşeyli üreyen çokhücrelilerde döllenme esnasında sadece öosit yani yumurta hücresindeki mitokondriler zigot içinde kalır, spermatozoidin çoğunlukla tek olan mitokondrisi ise döllenme gerçekleştiğinde spermle birlikte ölür böylede normal diploid hücre dna'sı hem anne hem de babanın genlerinin birleşimi ile oluşurken, mitokondriyal dna sadece anneden alınmış olur. mitokondriler her hücre bölünmesinde ayrıca bölünerek canlıdaki tüm hücrelere yayılırlar.
Bu konsept şu düşünceyi akla getirmiştir: mitokondriyal dna'nın hücre dna'sına göre çok daha kısa olan kod dizisi incelenir, bu kod dizisi insanlığın başlangıcından beri sadece ve sadece mutasyonlarla değişim göstermiş ve mayoz bölünme geçirmemiş olduğundan, mutasyon oranları karşılaştırılarak ve geriye doğru takip edilerek insanlığın nerede ortaya çıktığı, hangi mutasyon evresinde nerede bulunduğu, hangi yolları izleyerek dünyaya yayıldığı bulunabilir. Ve hatta hatta insanlığın annesi olan havva ya da havvalara ulaşılabilir!
mtdna 16,569 baz çiftinden oluşan halkalı yapıda bir dna'dır, her mitokondride 2-10 arası mtdna bulunur ve bu dna'lar matrikste bulunur, çift zincirden oluşur. Dıştaki zincir guanin ve sitozin bakımından zengin ağır zincir, içteki zincir adenin ve timin bakımından zengin hafif zincirdir. Zincirlerin d loop denilen bölgesinde 2 değil 3 iplik vardır bu yüzden bu bölge pcr'da en zor açılan bölgedir anneden kalıtılır. mtdna'da intron yoktur tamamıyle exonlardan oluşur bu yönden bakteri dna'sına benzemektedir.Üzerinde 37 tane gen vardır.

Şu andaki araştırma sonuçları insanlığın afrika'da ortaya çıkmış olduğu ve afrika dışına iki büyük göç gerçekleştiği savını destekler niteliktedir. İlginç bir sonucu daha aktarmakta yarar var: mutasyon oranları global olarak incelendiğinde, beş farklı genotip havuzuna ulaşılmakta yani insanların mitokondriyal dna kodları, her biri homojen beş farklı gruba dahil edilebiliyor, örnekle açıklamak gerekirse: grup1 ve grup2 arasında (atıyorum) yüzde 1 gibi bir fark varken, grup1'in içine dahil edilen bireylerin dizileri arasındaki fark yüzde 0,1 i geçmiyor.Bu beş grup da 33 alt gruba ayrılabiliyormuş son çalışmaların gösterdiği üzere, (yöntem aynı)
buradan çıkarılabilecek iki netice var: Ya insanlığın ilk dönemlerinde büyük bir mutasyonu tetikleyen, popülasyonu sindiren bir olay gerçekleşti ve beş farklılaşmış mitokondriyal dna'ya sahip sadece beş [ya da 33] dişi soyunu devam ettirebildi ya da insanlığın başlangıcında bir değil beş [ya da 33] adet "havva" var.
Kısaca mtdna ya da mitokondri dna’sı denilen bir bölge anneden çocuğa aynen geçer, çocuğun erkek olmasını sağlayan y kromozomlarının büyük bölümü de hiç bozulmadan babadan oğula geçer. Bilim insanları, kadınların mtdna’sında ve erkeklerin y kromozomunda zamanla biriken mutasyonları karşılaştırarak, göçebe toplulukların yollarının nerede ve ne zaman ayrıldığı konusunda kabaca fikir sahibi olabiliyor.
Döllenmede spermden gelen mitokondri olmayacagi ya da cok az olacagindan annenin mitokondrilerinde herhangi bir mutasyon varsa aktarilan bu olacaktir dolayisiyla bir ailede hasta bir annenin tum cocuklarinda ayni hastaligi gordugumuzde bunun mitokondriyel geçisli oldugunu soyleyebiliriz, isin kotu tarafi ise, mitokondriyel dna'nin heteroplazmi gosteren bir gecisi olmasidir yani hasta kiside mitokondri dagiliminda bir degiskenlik olmasidir bir baska deyisle, falsolu mitokondrilerin toplamda orani fazla ise hastaligin klinik bulguları artacaktir. Bunu bir torbadan top çekmeye benzetebiliriz toplarin yarisi beyaz yarisi siyah olabilir, ama biz torbanin yarisindaki toplari aldigimizda onun hepsi beyaz toplar olacaktir diye bir koşul yoktur o yuzden genetik danisma verilirken mitokondriyel hastalik öyküsu olan bir anneye cocuklarinda hastaligin ne siddette olacagini onceden soyleme sansi yoktur, boyle de kotu bir yonu vardir.